Theo đó, mức phụ cấp được quy định như sau:
- Phụ cấp trách nhiệm công việc hệ số 0,2 mức lương cơ sở đối với: trưởng nhóm quan trắc TNMT, đội trưởng đội khoan TNN, đội trưởng tổ điều tra cơ bản TNN.
- Phụ cấp lưu động hệ số 0,4 mức lương cơ sở đối với viên chức trực tiếp quan trắc TNMT, thực hiện nhiệm vụ điều tra cơ bản TNN.
- Phụ cấp độc hại, nguy hiểm hệ số 0,1 mức lương cơ sở đối với: viên chức trực tiếp quan trắc TNMT, viên chức làm công việc phân tích mẫu cơ lý đất, cơ lý đá, cơ lý nước; đo địa vật lý về TNN.

Ngoài ra, Thông tư cũng quy định kinh phí và cách chi trả các chế độ phụ cấp.
Thông tư 41/2014/TT-BTNMT có hiệu lực từ ngày 10/9/2014.